動畫電影《哥斯拉 怪獸行星》所描寫的是至今為止的“哥斯拉”電影都從未提及的未來世界，兩萬年間統治著地球的“哥斯拉”以及與其戰斗的人類的故事。 二十世紀最后的夏天。那一天人類第一次知曉，自己并非地球唯一的支配者。地球上出現了巨大生物“怪獸”和能夠驅逐怪獸的強大的存在——“哥斯拉”。和怪獸的戰斗持續了半個世紀，人類不斷失敗和逃亡，最終不得已實施了逃離地球的計劃。2048年，由中央政府管理下的人工智能篩選出的人類搭乘恒星移民船“阿拉特拉姆”號向11.9光年外的“鯨魚座塔e星”前進。但是，歷經長達20年的旅程終于到達的塔e星與地球的環境比預..