一架UFO在關西地區上空出現并且降落在富士山腳，這UFO原來是時光機器，它載著來自23世紀的三位代表來到20世紀末的日本，他們的任務是防止日本在下個世紀因為哥斯拉而亡國。他們希望能回到過去，在水爆大怪獸哥斯拉還未受到放射線影響變成大怪獸之前即把它消滅。未來人指定三人參與任務：寺澤健一郎，未來將會寫一本關於哥斯拉的書、三枝未希，利用她的超能力可感受到哥斯拉的存在以及古生物學家真崎。他們回到1944年馬紹爾群島的拉哥斯島，那里住著一只殘存的恐龍，幾年后在拉島上美國的核子試爆，使得這恐龍突變成哥斯拉。來自未來的隊伍觀察到恐龍在二次大戰其間..