在本世紀(jì)初，因為恐怖分子襲擊基因?qū)嶒灮氐年P(guān)系，導(dǎo)致特殊病毒的泄露，從此人類的大腦當(dāng)中出現(xiàn)了變異，開始能夠看到一些幽靈般的存在——“phantom（怪靈）”。而在此次事件前后出生的孩子當(dāng)中，一部分人就擁有能夠跟怪靈戰(zhàn)斗的能力，為此防衛(wèi)省也于中小學(xué)內(nèi)成立“腦功能異常對策室”，安排孩子們解決怪靈問題。主人公·赫塞亞學(xué)院高一學(xué)生一條晴彥便是其中的一員，而他跟前輩川神舞、被稱為“怪靈吞噬者”的和泉玲奈以及“反怪靈要員”水無瀨小糸一起投入到同怪靈的作戰(zhàn)，然而世界的真相還在等待他們?nèi)ソ议_……