本作改編自日本輕小說家谷川流原作的《涼宮春日系列》輕小說的第4卷，故事講述了圣誕節即將來臨，SOS團火鍋派對的活動拍板以后，阿虛就帶著煩惱回家。第二天，阿虛如常上學，但他很快注意到，學校發生了與平日完全不同的事。應該在后面的座位的涼宮春日不在，卻換上了理應讓長門有希消滅了的朝倉涼子；不僅是這樣，全世界也都變了……