故事以大都市紐特市為舞臺(tái)，在那里正在興建為保護(hù)神奇寶貝而設(shè)立的設(shè)施神奇寶貝山莊，即將在近期完工。但是因失去了過(guò)去的故鄉(xiāng)，而將所見(jiàn)的一切都視作敵人攻擊的蓋諾賽克特也出現(xiàn)在這里！只見(jiàn)他朝著在現(xiàn)場(chǎng)的小智和皮卡丘發(fā)射破壞技術(shù)，千鈞一發(fā)之際，出現(xiàn)在小智等人面前保護(hù)他們的，竟然是傳說(shuō)中的神奇寶貝‧超夢(mèng)！超夢(mèng)認(rèn)為蓋諾賽克特和他一樣，都是原本不應(yīng)該出現(xiàn)在這世上的神奇寶貝，于是決定扛下蓋諾賽克特的悲傷和憤怒，和他展開(kāi)激烈的對(duì)峙…。本作將從彼此都是由人工制造的神奇寶貝之間的對(duì)戰(zhàn)展開(kāi)，引爆系列作史上最大規(guī)模的一場(chǎng)戰(zhàn)斗。