本片描述距今不遠的近未來世界，世界到處都可以看到異形，人們卻一點也不覺得奇怪，在小學里面只要升到了六年級就有可能成為“異形應變小組”的成員。 這屆被選為“異形應變小組”的是大谷由莉、川村久美以及遠峰霞這三個女生。而“異形應變小組”成員，各自以共生型異形－寶咕為搭檔，將入侵學校的各種異形加以擊退與捕捉。 本來以為就只是這樣而已，其實背后其實隱藏了非常巨大的陰謀。