近未來的日本，一個叫做“疏瀨”的城市中，市民過著平凡的生活，只不過，在城市的一角，山岡上面聳立著醫療機器制造廠建造的外形酷似熨斗的工廠，每天固定時刻，那個工廠都像剛燙完東西一樣散發出大量蒸汽。 小學6年級學生直太，與高中女生真見美，直太那個留學的哥哥的女友，一起在河邊打發時間。本該是繼續平凡的日子，隨著傳說中的蜜蜂女——睛子駕駛的電車撞上直太而結束了。 直太頭上長出了奇怪的角！而睛子居然成為直太家的傭人進入了直太家。睛子的秘密與她口中常念起的“FLCL”的含義，令直太的生活有了翻天覆地的改變。