公元5012年。突然降臨的外星人，和其制造的機械生命體，讓人類陷入了滅絕的危機。只有極少一部分人類逃到了月球，為了奪回地球，他們使用人造人士兵開始了反攻行動。但是面對能夠無限增殖的機械生命體，戰斗陷入膠著。為此，人類派遣最終兵器——由新型人造人組成的“寄葉部隊”前往地球。剛被派到地球的“2B”和先行調查員“9S”會合，準備執行任務，卻在途中遇到了各種難以解釋的現象…