本作劇情承接TV動畫版第24集，第十七使徒被消滅后，NERV的工作似乎已經結束，各個部門的職員們正在祥和的氣氛中談論以后的去向。這時，NERV本部突然遭到了戰略自衛隊（后簡稱戰自）的襲擊。原來戰自得到消息稱NERV企圖引發“第三次浩劫”，于是他們標榜著“保護全人類”的口號對NERV的工作人員進行了慘無人道的大屠殺。殺死了渚薰以后，碇真嗣無法再振作起來，整天沉浸在痛苦的思考中，無心去應付戰自以及來自人類補完委員會的EVA量產機的攻擊。 精神崩潰了的明日香失去了生存的意志，但當受到戰自的威脅、生命危在旦夕的瞬間，她感受到了EVA機中母親..