在近未來的2035年，日本某個研究計劃引發了一場名為“大爆炸”的意外，失去控制的人工生命體“大麻煩”侵蝕了整個黑部峽谷。曾被譽為人類希望的研究重鎮就此遭政府全面封鎖。事發兩年后，在“大爆炸”中失去家人的15 歲少女橘愛子，從轉學生神崎雄哉口中得知令人難以置信的事實。 那是連愛子也不知道的自身體內隱藏著的一個秘密。而一切謎題的解答就在“大爆炸”的中心地“原初點”。愛子下定決心，與帶路者神崎雄哉以及護衛部隊潛行者一起，侵入被封鎖的區域。少年與少女相遇，人類的命運掌握在兩人手中，他們即將揭曉的又是怎樣的真相？