故事的舞臺是距今約100年前，由于板塊運動，日本的大部分國土被水淹沒而消失。為了保全國土而接連建成的水上都市不知何時成為了海上都市，隨著連結它們的航路增大，需要更多的人員來保護海洋安全。 由此，工作的女性進出海上、守護海洋安全的職業“藍色人魚”成為了女學生們憧憬的存在。 在這樣的時代，幼時好友的岬明乃和知名萌香，和擁有“成為藍色人魚”這一目標的伙伴們一起，進入了橫須賀的海洋高中學習...